华西眼肌组手术主要针对儿童斜视矫正，由于小儿难以在术中配合，大部分需在全麻下进行，往往术后需进行二次调整。近年来在国内最早开展了改良式麻痹性斜视的手术治疗，有效地治疗单条或多条眼外肌完全麻痹，提高有效率，减少手术次数，大部分病人一次成功，具有国际先进水平；同时，在国内率先开展婴儿(6~12月)的斜视手术治疗，提高婴儿以后双眼视功能恢复的几率，达到国际领先水平；此外，在西部率先开展垂直斜视手术治疗，目前可完成各种垂直斜视的手术治疗和各种手术方式，包括下斜肌后徙术、下斜肌转位术、上斜肌折叠术上斜肌短腱术、上斜肌肌腱部分切除术等，达到国际、国内先进水平；还在西南地区首先开展了眼球震颤手术治疗，目前可完成先天性眼球震颤的手术治疗，有效改善患者的视力，消除代偿头位，达到国内领先水平；眼肌组也是率先在国内使用硬性透气性角膜接触镜(RGP)矫正圆锥角膜、不规则散光、无晶状体眼的医院之一。