细菌及真菌感染亚专业能熟练诊治各种发热性疾病和各种常见或疑难的细菌感染、侵袭性真菌感染，同时也兼顾非传染病毒病、寄生虫病的诊治。对各种病原体感染积累了丰富的临床经验，特别擅长多重耐药菌感染及重症感染的救治。收治的病种包括各种常见及少见细菌性感染，侵袭性真菌感染，慢病毒感染，寄生虫病等，感染部位涉及中枢神经系统、呼吸系统、消化系统、泌尿生殖系统、皮肤软组织系统、骨关节、血液系统等全身各系统器官。

本亚专业自科室1983年成为卫生部第一批抗生素临床研究基地至今，承担了60余项国内外抗菌药物新药临床研究，约三分之一为组长单位。本亚专业作为卫健委细菌真菌感染临床诊治培训项目（培元项目）华西基地，不仅为临床医师提供系统理论培训，而且提供6-12个月的在院临床实践培训，作为四川大学GCP培训班理论与临床研究现场观摩学习基地，培养了大量从事GCP临床研究的医护人员，有力地推动了新药临床研究的规范化开展。

本亚专业一直致力于推动抗菌药物临床合理应用，利用万古霉素、伏立康唑血药浓度监测为细菌真菌感染患者服务，推行高效低毒的个体化治疗。对医院其他科室以及省内外各级医院的抗菌药物合理应用工作进行技术指导，长期负责医院内外疑难危重感染病患者的会诊及多学科(MDT)会诊讨论，参与地震伤合并感染患者的救治。本亚专业人员参与《抗菌药物临床使用指导原则》、相关专家共识或指南的编写工作，并通过中华医学会感染病学分会感染科主任与骨干培训项目、卫健委细菌真菌感染临床诊治系列培训项目（培元项目-临床医师、培英项目-临床药师、培微项目-临床微生物师）为全国各地各级专业人员进行培训，为推动抗菌药物合理应用及规范管理、感染病科学防治发挥了重要作用。