华西医院实验医学科临床微生物实验室又为华西临床医学院医学检验系临床微生物教研室。现有检验技术人员30人：博士生导师1人，硕士生导师4人；高级职称5人，中级职称7人；博士6人，硕士9人。

实验室现有BACT/ALERT 3D 480血培养仪、BACTEC MGIT 960结核分析仪、VITEK2-compact细菌鉴定及药敏分析仪、MADLI-TOF 质谱鉴定仪、ROCHE RSA Pro前处理系统、ROCHE E170、Cobas E601和Cobas E602电化学发光分析仪、富士G1200及DiaSorin化学分析仪、欧蒙全自动免疫印迹仪等自动化仪器，设置有艾滋病确证实验室、高生物防护的结核实验室，开展各类标本的细菌、真菌和结核培养鉴定及药敏试验，呼吸道十三种病原体核酸检测，结核γ干扰素释放试验，真菌G试验，GM试验，艰难梭菌检测，常见寄生虫抗原抗体检测，甲、乙、丙、丁型等肝炎病毒标志物，艾滋，梅毒，衣原体及支原体，流感病毒等定性和定量检测。

临床微生物实验室各项专业工作以优异成绩于2006年6月首次通过了美国CAP医学实验室认可，并于 2008年、2010年、2012年、2014年、2016年及2018年多次以优异成绩通过了美国CAP医学实验室认可复审。

科室人员近年来负责国家自然科学基金项目4项，四川省科技厅项目2项和四川省卫生和计划生育委员会课题3项，先后承担的科研项目累计经费达数百万元，并发表核心期刊文章135篇，SCI收录论文64篇。与医院感染性疾病中心联合申报成为欧洲临床微生物与感染性疾病学会（ESCMID）中国大陆地区培训基地，主持全国多中心梅毒螺旋体抗体评估项目。先后多次参加亚太地区抗生素耐药监测网、全国细菌/真菌耐药监测网、欧洲多中心梅毒抗体评估项目、亚太多中心HIV抗原抗体评估项目、亚太多中心HCV抗体评估项目等大型协作科研。组织成立华西检验医学学科联盟耐药监测网，负责西部和四川地区联盟单位的耐药监测和微生物实验室能力建设提升。同时，建立与本院呼吸科、中医科、ICU、感染性疾病中心、肿瘤治疗国家重点实验室等多个科室的长期科研合作关系。

1988年至今，临床微生物实验室已完成本科、专科1300余人的临床微生物教学和950余名进修生、住院医、住院技师的培养工作；承担医学检验系的《临床微生物学与检验》和《专业外语》本科教学工作。科室员工参编人民卫生出版社第三、四版全国高等医学教育规划教材《临床微生物学与检验》与《临床免疫学与检验》，人民卫生出版社全国高等医学教育规划教材《临床微生物学检验技术》和《临床微生物学检验技术实验指导》，人民卫生出版社专著《实用临床微生物学检验与图谱》、《医学检验项目选择与临床应用》和《真菌感染病例与病原检测》，中华医学电子音像出版社《临床微生物学手册 第11版》等二十余部教材或专著。

近年来，临床微生物实验室在实验室管理、实验室标准化、自动化、网络化、安全化、质量控制、临床联系和人才梯队建设等诸多方面得到了全面的提升。我们的目标是成为国内一流、世界领先的微生物实验室，建立以华西为中心的区域健康网络。