肝胆胰微创中心成立于2014年1月，隶属于四川大学华西医院国家重点学科普外科，是顺应当代外科发展而成立的全新亚专业科室，是国内较早建立的集医疗、教学、科研为一体的综合性肝胆胰脾微创治疗中心。目前有医护人员36名，其中博士生导师2名，高级职称医师6名，固定床位68张。拥有全套最先进的腹腔镜成像系统、腹腔镜器械、腹腔镜彩超、微波射频治疗仪以及数字化血管造影系统。
中西医痔瘘中心集医、教、研于一体，是西南地区中西医结合肛肠疑、难、重、危疾病的诊治中心，中心既是国家西部盆底肛门病诊治中心之一，也为四川省重点中医肛肠专科建设单位。2012年华西医院痔瘘中心整体搬迁至上锦医院，凭借丰富的科研成果，独创了一系列极具特色优势的术式，疗效及病人满意度长期位列西南地区前列。
骨科足踝&矫形中心于2015年牵头组建四川省医学会骨科分会足踝外科学组，目前正开展近十余项新技术以及科研课题。是我国西部地区重要的足踝外科专科医师培训基地。中心涵盖: 足踝部骨折创伤/创伤后畸形, 足踝/下肢部先天畸形畸形矫正，足踝部骨病, 慢性骨髓炎等病种。
神经疾病诊治中心涵盖神经外科及神经内科专业。神经内科长期与华西医院本部神经内科按照一体化管理模式运行，依托脑血管疾病、癫痫及发作性疾病、神经遗传变性疾病、神经感染及免疫性疾病四个稳定的专业发展方向及华西医院先进的诊治设备和多学科交叉优势。神经外科成立于2012年5月，是医院最早建立的专科之一，经过近10年时间的建设，已发展成为西部地区排名前列的神经疾病诊治中心。
血液内科（干细胞移植中心）成立于2012年，是医院最早成立的独立专科之一，经过十年发展，目前血液科拥有2个病区（普通血液病房和层流移植病房），开放床位87张，其中层流病房床位12张，是成都市市级医院血液内科中唯一拥有独立层流病房以及层流病房床位最多的科室。
