新生儿外科主要收治6个月以下新生儿和小婴儿的外科病人，主要领域为各类消化道畸形和腹部外科危重症。我院新生儿外科是国内早期成功实施先天性食道闭锁手术治疗的医学中心之一。目前开展了食管闭锁，先天性膈疝，幽门肥厚性狭窄、先天性肛门直肠畸形、先天性巨结肠、胆道闭锁及胆总管囊肿、先天性腹壁畸形等多种先天性疾病的手术治疗，疗效满意；同时进行PICC及新生儿静脉营养支持治疗，并稳步开展新生儿腹腔镜手术；与妇产科、新生儿内科配合开展先天性畸形产前诊断、产前咨询及产后治疗等多学科系统治疗。近年来新生儿外科收治极早产，极低体重初生儿的数量逐渐增加，外科治疗效果局全国先进水平。1964年成功开展西南地区第一例食管闭锁手术治疗，自此在食管闭锁这一新生儿外科水平代表性病种的治疗保持国内先进水平。手术效果良好，远近期并发症率低，患儿预后好。尤其是在低体重，合并多发畸形的患儿的救治积累了丰富的经验。先天性食管闭锁治疗水平的提高，也同时带动了我院小儿麻醉和小儿重症医学水平的进步。 1964年开展Duhamel巨结肠根治手术，同时逐步开展各类先天性巨结肠根治性手术治疗。后逐步发展至经肛门脱出，腹腔镜辅助及达芬奇机器人辅助等先进方式治疗先天性巨结肠，治疗效果优异。通过远期随访显示：患儿排便功能满意，社会功能恢复满意，取得了良好的社会和学术效益。1996年成功救治一例巨大脐膨出患儿。经过多年努力，建立起一组由新生儿外科，新生儿内科，麻醉科等多学科组成的团队，对危重新生儿外科病人进行管理和综合治疗。临床效果满意，学术及社会效益良好。2000年以来较早在国内开展胆道闭锁Kasai手术，并较早且大宗病例开展腹腔镜下Kasai手术。